Drugi etap rehabilitacji prowadzony jest zwykle w Oddziale Rehabilitacji Kardiologicznej, jeśli dotyczy osób z wysokim ryzykiem powikłań, zaawansowaną niewydolnością serca lub schorzeniami towarzyszącymi oraz osób mieszkających w odległych miejscowościach. Drugi etap rehabilitacji może też być prowadzony w warunkach ambulatoryjnych w przypadku osób, które mogą przyjechać na ćwiczenia z domu.

Niezmiernie ważny jest odpowiedni dobór aktywności fizycznej, dostosowany do możliwości pacjenta, dlatego przed podjęciem treningu fizycznego należy dokonać oceny czynnościowej chorego, uwzględniając 6-minutowy test marszowy, test wysiłkowy lub badanie spiroergometryczne.

U chorych z bardzo niską wydolnością fizyczną stosuje się niską intensywność i krótki czas trwania ćwiczeń (3-10 minut), zwiększając ich częstotliwość w ciągu dnia  (3-5 sesji treningowych). Bardziej wydolni pacjenci mają wydłużony czas wysiłku o zwiększonej intensywności (do 20- 45 min), zmniejsza się im jednocześnie częstotliwość sesji treningowych (1-2 w ciągu dnia).

Podstawą treningu na tym etapie rehabilitacji są:

1. Ćwiczenia oddechowe, w tym oddechowe z oporem z wykorzystaniem urządzeń do ćwiczeń oddechowych
2. Trening oporowy małych grup mięśniowych, na przykład z wykorzystaniem taśm do ćwiczeń oporowych.
3. Ćwiczenia ogólnousprawniające
4. Trening wytrzymałościowy (aerobowy) na ergometrze rowerowym lub trening marszowy

Celem II etapu rehabilitacji jest dalsze usprawnianie chorego, nauka samokontroli stanu zdrowia, nauka modyfikacji stylu życia nastawiona na redukcję czynników, które mogą prowadzić do zaostrzenia choroby.

Nad prawidłowym przebiegiem tego okresu rehabilitacji czuwa zespół, w którego skład wchodzą m.in. kardiolog, fizjoterapeuci, psycholog i dietetyk.